Kegiatan pengajian di SMP Mujahidin Surabaya merupakan bagian dari pembinaan spiritual bagi siswa untuk memperdalam ilmu agama dan membentuk akhlak yang baik. Pengajian ini rutin diadakan setiap pekan dengan melibatkan ustaz dan guru agama sebagai pembimbing. Dalam sesi pengajian, siswa diajak untuk membaca dan memahami Al-Qur’an, belajar tafsir, serta mendalami hadis dan fiqh. Selain itu, terdapat pula ceramah keislaman yang membahas berbagai tema, seperti adab dalam kehidupan sehari-hari, pentingnya ibadah, dan nilai-nilai akhlakul karimah.

Selain pengajian rutin, SMP Mujahidin juga mengadakan kegiatan khusus seperti peringatan hari besar Islam, kajian bersama orang tua, serta pelatihan kepemimpinan Islami bagi siswa. Acara seperti ini bertujuan untuk memperkuat kecintaan siswa terhadap ajaran Islam serta membentuk kebiasaan beribadah yang konsisten. Dengan adanya kegiatan pengajian ini, diharapkan siswa tidak hanya cerdas secara akademik, tetapi juga memiliki pondasi keimanan yang kuat dan mampu mengamalkan nilai-nilai Islam dalam kehidupan sehari-hari.